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腸内にすむ菌(腸内細菌)は、数百種類に分かれ、主に小腸から大腸まで、自分の住みやすい場所に分布して約100兆個いるといわれています。
消化液が多い胃や十二指腸では菌が少ない(1グラムあたり1万個以下)ですが、それより下の小腸(空腸~回腸)になると、1グラムあたり1000万個以上の菌が住み着いています。
それでも、胃にはピロリ菌などが繁殖することがあります。
小腸には空気(酸素)が存在するので、酸素があっても生育できる細菌(通性嫌気性菌)の乳酸捍菌が多く住み着いています。
盲腸から大腸になると、殆ど無酸素状態になり、酸素の嫌いな細菌(偏性嫌気性菌)が爆発的に多くなり、1グラムあたり1000億個に近づきます。
ビフィズス菌は偏性嫌気性菌の代表です。
腸内には、人にとって良い働きをする有用菌(ビフィズス菌や乳酸捍菌)だけでなく、発がん物質や毒素を作ったり、腸内腐敗をおこしたりする有害菌(ウェルシュ菌、黄色ブドウ球菌、大腸菌毒性株など)も住んでいます。
このように、有用菌と有害菌、さらに中間的な菌が微妙な関係を持ちながら、腸内フローラが形成されています。
新生児はお母さんの子宮内では無菌状態で、産道を通る時におかあさんから色々な腸内細菌を受け取るのです。